样品厚度：由于电子束的穿透能力较低，TEM分析的样品厚度需要非常薄。对于高分辨及电子衍射模式样品，厚度须小于100nm。

样品状态：粉末、薄膜和块体样品均可，但薄膜和块体等无法直接测试，需要通过离子减薄、双喷、FIB、切片制样处理。

样品成分：样品应以无机成分为主，避免造成电镜严重污染，导致高压跳掉或击坏高压枪。

磁性要求：磁性样品会影响电子束的运动，进而影响仪器的光路，使光路发生偏转，导致图像不清晰。并且磁性材料容易吸附到极靴上，被电子束击飞后可能会吸到电镜极靴和光路通道上，或散落在测试舱室内部，导致电镜分辨率、真空度下降。样品最好不要带磁性，如果带有磁性，需要进行消磁处理。

样品干燥与清洁：任何水分或污染物都可能影响TEM图像质量，因此样品必须干燥清洁。

真空环境适应：样品必须适应TEM的真空环境，不能有任何物质释放。

样品均匀性：为了确保所得数据具有代表性，样品的结构必须均匀，滴样前需要先进行研磨处理。

化学与机械稳定性：样品在高能电子束下必须保持化学和机械双重稳定。

样品制备：制备粉末样品的关键是要做好支持膜，并把粉末分散均匀、浓度适中。待支持膜干透了以后再装入电镜观察，以免在电子束的照射下，支持膜破裂。

由于TEM不同模式所需时间不同，故设备按照使用时间进行收费，收费标准为300元/小时，不足一小时按照一小时收费，以下为经验下每种模式所需时间，具体收费以实际使用时间为准。

普通样品：

透射+高分辨 大约30分钟/个

透射+高分辨+电子衍射+明暗场+EDS 大约40-60分钟/个

若样品带有磁性（未经过消磁，没有掉渣的风险，若有掉渣风险，不允许送样）

透射+电子衍射 大约90分钟/个

透射+高分辨+电子衍射+明暗场+EDS 大约120-150分钟/个